M.E.Doc підтримує роботу з кваліфікованими електронними підписами (КЕП), що дає змогу підписувати документи безпосередньо в програмі. Бухгалтер може використовувати підписи керівника та інших відповідальних осіб без додаткових дій. Це усуває потребу в паперових документах і пришвидшує процес погодження та подання звітності.